Mezi nejdůležitější aktivity Bioinstitutu patří:

- přenos poznatků z vědy a výzkumu do praxe

- výchova, vzdělávání, publikační činnost

- výzkum

Bioinstitut je zapojen do projektů na podporu rozvoje ekologického zemědělství formou vzdělávání, poskytování informací a osvěty. Úzce spolupracuje s řadou odborných a výzkumných pracovišť v ČR a je nositelem několika výzkumných projektů.
Je pořadatelem vědecké konference v rámci Bioakademie – Evropské letní akademie ekologického zemědělství, které se každoročně účastní zástupci více než 20 zemí Evropy.